国家农业机械工程技术研究中心于1999年经国家科学技术部批准正式开始组建，2002年11月以在工程技术研发能力与水平、同步运行管理与自我发展能力、培训人员及开放服务能力、成果效益和对行业影响、项目资金到位及使用等方面获得全A的优秀成绩通过验收，2003年3月获得正式命名，2006年通过优化评审。中心依托单位为中国农业机械化科学研究院集团有限公司，并设有南方分中心，依托单位为广东省现代农业装备研究院（原广东省农业机械研究所）。

中心下设农业机械化发展研究中心、收获机械分中心、耕种与植保机械分中心、节水灌溉分中心、饲养机械分中心、农产品加工分中心、环境分中心、南方分中心等8个研发分中心。建有种植机械、收获机械、农产品加工机械、排灌机械、智能装备等试验室和种植业生产装备、畜禽养殖及饲料加工机械生产、农副产品加工、农业机械化综合试验生产等中试、生产及试验基地。

自成立以来，中心始终致力于农业装备技术创新与发展，坚持一流的工程化与产业化水平、一流的工程技术人才、一流的工程实验条件、一流的管理运行水平以及技术、人才、经济良性循环的发展目标，重点围绕粮食及优势经济作物生产全程装备、农产品与食品加工成套装备、废弃物处理转化工程装备、精准与智能化农业装备等领域开展共性关键技术研发及成果工程化、系统化和商品化，面向市场，面向全行业开放服务。